Los datos conservados respecto a su origen parecen situar su fundación en el primer cuarto del siglo X. Según el historiador López Ferreiro, se conserva en los índices del archivo de San Martiño Pinario un documento sobre el monasterio de Soandres, donde vivió el obispo Don Nuño, que hace referencia a una sentencia dada en el año 922, estando en Soandres con el conde Froilán Menéndez. Lucas Álvarez atribuye la fundación del monasterio a los padres de Conde Pelayo, que realizan una donación a esta iglesia en un documento datado en el año 990.
Desde su fundación este templo benedictino posee una notable importancia al ejercer influencia sobre gran parte de lo que hoy conocemos como Bergantiños.
Hasta el año 1351, y durante cuatro siglos, el monasterio de Soandres estaba bajo el patronato de san Salvador. Fue entonces cuando el rey de Castilla, Pedro I, en una demostración de la protección que le profesaba al templo, decidió eximirlo de pagar los impuestos de “yantare e colleita”. Los monjes, como muestra de agradecimiento, cambiaron la dedicación del cenobio a san Pedro.
Fue a finales del siglo XV y principios del XVI cuando el monasterio comienza a perder privilegios debido a la reforma de los Reyes Católicos. El templo se convierte en esta época en un priorato dependiente del monasterio de San Martiño Pinario de Santiago de Compostela, unión confirmada por el papa Alejandro VI el 1 de octubre del año 1500.
La vida monástica finaliza el 6 de diciembre del año 1835. El monasterio pierde sus propiedades y su función se limita, desde entonces, a la de iglesia parroquial.
